私たちの地球は、誕生から46億年の歳月を経て、様々な生き物が絶妙のバランスをもって暮らす地球生態系を形成してきました。
しかしながら、近代文明社会は地球が蓄積してきた莫大な資産を消費する経済活動を発展させ、人口の爆発的な増加を招くとともに、大規模な環境汚染を進行させました。 この結果、貴重な石油資源・木材資源・作物を生産する表土・多様な生物種が急激に失われ、オゾンホールの拡大・地球温暖化の進行など地球生態系のゆがみがあらわになってきました。わが国においても、経済・生活システムがもたらす自然生態系の破壊は枚挙にいとまがなく、将来に向けて私たちの生存をかけた課題となっています。
この解決策については、単にどこかの自然公園を保存すれば済むという問題ではなく、多様な生物の遺伝資源の保存を基礎とする自然生態系の復元を目指す国づくり・地域づくり・街づくり・人づくりこそがその答えであり、具体的にはビオトープ「生物生息空間」ネットワークの創出とその適正な管理運営であります。
そのためには、市民の力を結集し、自然保護やこれに関する法制度の整備・各種自然保護政策・自然保護教育の徹底を図らなければなりません。
この目的を達成する新しいNGO（非政府組織）として、平成7年11月に財団法人日本生態系保護協会が設立され活動を開始しています。
私たちは、このような多様な活動を地域レベルで可能とするため、財団法人日本生態系協会などの全国組織や各地の活動と有機的な連携を図りながら、高知県の環境教育・環境調査などを押し進め、市民と行政・政治を結ぶ環境政策の提言・促進を中心とした活動をしてまいります。
また、ＮＧＯとして日本の健全な民主主義に貢献する活動を行っていくものです。
こうした活動を通じて、調和のとれた地域社会を実現させ、その成果を次の世代に継承・発展させることを目的として社団法人高知県生態系保護協会を設立するものであります。
※平成17年（2005年）7月、「社団法人高知県生態系保護協会」から「社団法人生態系トラスト協会」へ団体名称を変更しました。
※平成25年（2013年）4月、公益社団法人に移行認定されました。